人们有时会混淆变性和两性。双性恋者的生殖解剖结构或基因与通常在出生时发现的男性或女性的典型定义不符。同时，变性与你对性别认同的内在认识有关。变性人通常天生具有与典型的男性或女性相匹配的身体和基因，但他们知道自己的性别身份是不同的。

有些人认为，在出生时确定谁是男性或女性是一件简单的事情，检查婴儿的外部解剖结构，但实际上有很多。每年，估计每2000个婴儿中就有一个出生时具有一系列不易被归类为“男性”或“女性”的特征，身体处于“男性”和“女性”之间的巨大连续体中的人通常被称为两性人。有许多不同类型的中间条件。例如，有些人生来就有XY染色体，但有女性生殖器和第二性征。其他人可能有XX条染色体，但没有子宫，或者可能有外部解剖结构，看不清男性或女性。要了解更多关于两性之间的感觉，请查看此视频或单击此处。

虽然变性人和双性人都有可能，但大多数变性人不是双性人，大多数双性人也不是变性人。例如，许多具有XY染色体（通常为男性）但具有典型女性解剖学特征的双性人在出生时被宣布为女性，作为女孩被抚养长大，并被认定为女孩；事实上，这些女孩中的许多人及其家人甚至直到晚年才意识到他们的染色体与预期的不同。然而，一些双性恋者开始意识到，他们成长过程中的性别不符合他们内心的自我意识，可能会改变他们的外表或社会角色，类似于许多变性人所经历的，开始以更适合他们的性别生活。