在变性人中，最常用的药物是睾酮。睾酮（经皮、肌肉、皮下或口服途径）降低血清雌二醇水平，提高血清睾酮水平，导致典型的男性继发性特征的形成。不可逆转的变化包括：声音加深，面部和体毛生长增加，阴蒂增大（阴蒂增大），面部骨骼结构增厚。可逆性改变包括闭经、男性型脂肪分布、肌肉质量增加、阴道萎缩和男性型秃顶。一些变性人还描述了情绪的变化（例如，无法哭泣，愤怒增加）以及性欲的增强。不良反应包括血压升高、红细胞增多、血脂状况恶化、血糖升高、转氨酶升高、痤疮和对生育能力的影响（尽管睾酮不是有效的避孕药，因为它不会中断排卵，所以仍然可能怀孕）。

非那雄胺也可用于防止变性男性的男性秃发，因为它只阻止二氢睾酮（DHT），而不是睾酮本身；然而，这可能会减缓或减少继发性毛发生长，并可能减缓或减少阴蒂肿大。

在变性妇女或变性人中，最常用的药物是雌激素和抗雄激素。服用雌激素（通过口服、舌下、经皮、肌肉或皮下途径）降低血清睾酮水平，提高血清雌二醇水平，并导致典型的女性继发性特征的发展，包括：乳房生长、皮肤柔软、肌肉质量减少和女性型脂肪分布。这些影响在很大程度上是可逆的。雌激素也会导致睾丸和阴茎萎缩（最终导致潜在的勃起功能障碍和不育）。一些变性女性也描述了情绪的变化（例如，更多的眼泪）以及性欲的下降。不良反应包括血栓形成风险增加、血压升高、催乳素升高（很少包括催乳素瘤的发生）、偏头痛、转氨酶升高以及对生育能力的影响（尽管雌激素不是一种有效的避孕药）。雌激素不会增加声调，减少面部毛发，改变面部骨骼结构，或逆转男性模式秃顶。需要采用其他方法（例如，语音训练、电解或激光脱毛、面部女性化手术、毛发修复等）。

抗雄激素（即螺内酯、比卡鲁胺、氟他胺、非那雄胺）也常用于未做过睾丸切除术的反式妇女。这些药物会阻断睾酮的作用，导致勃起功能下降，并使雌激素产生典型的女性继发性特征。然而，非那雄胺特别针对的是二氢睾酮（DHT），而不是睾酮，所以它在降低总睾酮水平方面没有那么有效。

GnRH激动剂（即Lupron）也可以代替抗雄激素来阻止内源性睾酮的产生。卢普龙通常每两个月肌肉注射一次，对阻止总睾酮水平非常有效。然而，它可能很难获得保险范围，否则是相当昂贵的自掏腰包。

黄体酮稍微激活雄激素受体，所以可以用来改善性欲和情绪。在某些情况下，它可能被认为是最大限度的乳房生长，尽管这可能是通过体重增加发生的。值得注意的是，一些研究表明，使用该药物可能增加VTE、心血管疾病和/或乳腺癌的风险。

并不是所有的变性患者都想服用药物进行性别转换，应该与每个人讨论风险、益处和替代方案，以及他们的个人转换目标，以确定正确的疗程。